历史上，这三种舰艇是完全不同的舰型。不过现在随着技术的进步，事实上差异已经很小了。

第一种出现的是护卫舰，英文为frigate，从15世纪便开始在地中海地区使用。最初指代小吨位的，无法加入战列线进行舰队决战，但具有高速和良好操作性的小型舰艇，一般当时的frigate有1-2层火炮甲板。到18世纪，frigate则用于护航和巡逻任务，并且被英国皇家海军定义为“携带28门左右火炮，有一层连续火炮甲板的军用舰艇”，因此即便到了19世纪，新出现的铁甲舰在一段时间内也被称之为装甲护卫舰（armoured frigate），因为其也为单层火炮甲板。

现代意义上的护卫舰主要负责护航商船队、掩护两栖作战群、反潜作战等非舰队决战任务，一般吨位会小于驱逐舰和巡洋舰。此外，frigate和corvette（轻型护卫舰）也基本上没有实质差别。

第二种出现的是巡洋舰（cruiser），早期的cruiser与frigate和corvette没有太大区别，同样指代辅助性的独立侦察、护航等任务。不过在19世纪，英国殖民地遍布世界，英国需要一型能快速前往殖民地的中型舰艇，cruiser才被赋予新的内涵。19世纪的cruiser需要应付舰队侦察、殖民地维护等一系列任务，并会被编入舰队进行舰队决战，因此也出现了装甲巡洋舰、轻巡洋舰和重巡洋舰等更为详细的舰艇划分。而为了实现远海对于巡洋舰的猎杀，战列巡洋舰也在20世纪初相应出现。我们熟知的致远舰便属于19世纪末的装甲巡洋舰。

现代巡洋舰执行的任务大致相同，一般指代大型远洋舰艇。掩护航空母舰变为了巡洋舰的最大功能。

驱逐舰则是最后出现的舰种。19世纪中后期鱼雷出现，相应的鱼雷艇也应运而生。鱼雷艇对主力舰造成了巨大威胁，笨重的主力舰很难应对来自灵巧的鱼雷艇偷袭。因此，装备一型快速、操作性好、装备鱼雷和火炮对付鱼雷艇，以掩护大型舰艇的舰艇开始出现，这就是驱逐舰（destroyer）。Destroyer是torpedo boat destroyers的简写，这是在一战中形成的，最初的中文全称应为“鱼雷艇驱逐舰”。其核心便是掩护主力舰艇对抗来自快速鱼雷艇的袭扰，也可以使用鱼雷袭扰对方主力舰艇。二战后，鱼雷被导弹武器取代，而导弹的小型化让驱逐舰具有了更强大的作战能力，驱逐舰的名称也被越来越大型的舰艇继承，进而形成了今日的名称格局。

可以看出，这三者的区别在于，护卫舰之前基本不会被编入主力舰队，承担二线军事任务。而巡洋舰和驱逐舰则在很长时间段内都是主力舰队的成员。此外，由于航空兵的出现，水面作战发生了革命性的变化，在航空兵威胁环境下巡洋舰或驱逐舰单独使用在二战中已经被证明是不可取的。因此，巡洋舰和驱逐舰的核心任务都变成为航空母舰进行护航，并承担部分对陆地和海上目标打击的任务，巡洋舰不再与驱逐舰有任务上实质性的差别，两者命名的不同现在基本上取决于吨位。不过，15000吨的DDG-1000也被叫作驱逐舰，这吨位已经大于10000吨级的“提康德罗加”级巡洋舰，这很可能意味着巡洋舰一词或许正在逐步走向衰弱，未来是大型化的驱逐舰和护卫舰的时代。